cauf,

1. Если файл скопируется на exfat раздел с недозволенными символами в имени (mc могёт), или имя файла будет слишком длинное, то при попытке доступа к папке с этим файлом раздел диска тихо вылетает в неведомую пустоту (приходится umount; mount).
2. Когда-нибудь файловая система поломается, а чинить соответственно только под вендой можно. Оно бы и ладно, но chkdsk со временем перестаёт чинить и отваливается с ошибкой "нивсилах".

cauf,
Да, и ещё, при работе некоторых программ, работающих с хэшированием, процесс mount.exfat отжирает кучу памяти, и не отдаёт.